Основными способами доказательства гипотез являются: дедуктивное обоснование выраженного в гипотезе предположения; непосредственное обнаружение предположенных в гипотезе предметов; логическое доказательство гипотезы.
Непосредственное обнаружение искомых предметов. Частные гипотезы в науке и версии в судебном исследовании нередко ставят своей задачей выявление факта существования в определенное время и в определенном месте конкретных предметов и явлений либо отвечают на вопрос о свойствах и качествах таких предметов. Наиболее убедительным способом превращения такого предположения в достоверное знание является непосредственное обнаружение в предположенное время или в предположенном месте искомых предметов либо непосредственное восприятие предположенных свойств.
Напр., при расследовании уголовных дел о хищениях важной задачей является обнаружение похищенных ценностей. Эти ценности, как правило, прячутся или реализуются преступниками. В связи с этим и возникают частные версии о местонахождении таких вещей и ценностей.
Версии, доказываемые непосредственным обнаружением предположенной причины, всегда являются частными. С их помощью, как правило, устанавливаются лишь отдельные фактические обстоятельства дела, частные стороны события преступления.
Логическое доказывание версий. Версии, объясняющие существенные обстоятельства расследуемых дел, превращаются в достоверное знание путем логического обоснования. Оно протекает опосредованным путем, ибо познаются события, имевшие место в прошлом, или явления, существующие и в настоящее время, но недоступные непосредственному восприятию. Так доказываются, напр., версии о способе совершения преступления, о виновности, о мотивах совершения преступления, объективных обстоятельствах, при которых было совершено деяние, и т. п.
Логическое доказывание гипотезы в зависимости от способа обоснования может протекать в форме косвенного или прямого доказывания.
Косвенное доказывание протекает путем опровержения и исключения всех ложных версий, на основании чего утверждают достоверность единственного оставшегося предположения.
Заключение в этом выводе может расцениваться как достоверное, если, во-первых, построен исчерпывающий ряд версий, объясняющих исследуемое событие, и, во-вторых, в процессе проверки версий опровергнуты все ложные предположения. Версия, указывающая на оставшуюся причину, в этом случае будет единственной, а выраженное в ней знание будет выступать уже не как проблематичное, а как достоверное.
Прямое доказывание гипотезы протекает путем выведения из предположения разнообразных, но вытекающих только из данной гипотезы следствий и подтверждения их вновь обнаруженными фактами.
При отсутствии косвенного доказывания простое совпадение фактов с теми следствиями, которые выведены из версии, нельзя расценивать как достаточное основание истинности версии, ибо совпадающие факты могли быть вызваны и другой причиной.