Общенаучная методология может быть представлена системным подходом, отражающим всеобщую связь и взаимообусловленность явлений и процессов окружающей действительности. Он ориентирует исследователя и практика на необходимость подходить к явлениям жизни как к системам, имеющим определенное строение и свои законы функционирования. Системный подход пришел на смену функциональным, аналитическим подходам, в основе которых лежали ассоциативистские механистические концепции однозначного детерминизма и редукционизма. Редукционизм как принцип исследования предполагает познание сложного целого через его расчленение на все более и более простые составляющие части и изучение их природы. При этом имеется в виду, что свойства объекта как целого порождаются суммой свойств его частей. Дальнейшее развитие этой мысли приводит исследователей к выводу, что познание объективных свойств элементов и способов их изменения открывает возможность изменения свойства, а следовательно и качества целого.
Сущность системного подхода заключается в том, что относительно самостоятельные компоненты рассматриваются не изолированно, а в их взаимосвязи, в развитии и движении. Системный подход позволяет выявить интегративные системные свойства и качественные характеристики, которые отсутствуют у составляющих систему элементов. Предметный, функциональный и исторический аспекты системного подхода требуют реализации в единстве таких принципов исследования, как историзм, конкретность, учет всесторонних связей и развития. Системный подход предполагает построение структурных и функциональных моделей, имитирующих исследуемые процессы как системы, позволяет получить знание о закономерностях их функционирования и принципах эффективной организации.
Эвристические и практикопреобразующие возможности системного подхода в исследовании образования как педагогического процесса обнаруживают себя при обращении к категориям «педагогическая система», «целостность» и «взаимодействие». Педагогическая система на уровне структурно-функционального анализа может быть представлена совокупностью взаимосвязанных компонентов: субъекты педагогического процесса, содержание образования (общая, базовая и профессиональная культура) и материальная база (средства). Их органичное взаимосвязанное движение, направляемое целью, порождает педагогический процесс как динамическую систему. Цель — ведущий фактор возникновения педагогической системы.
Системный подход требует реализации и принципа единства педагогической теории, эксперимента и практики, который иногда неправомерно понимается как некоторая линейная цепочка, отражающая естественное движение знания от теории через эксперимент к практической деятельности. Правильная интерпретация и развитие этого принципа позволяют понять, что существуют определенные циклические связи между практикой и наукой. Педагогическая практика является действенным критерием истинности научных знаний, положений, которые разрабатываются теорией и частично верифицируются экспериментом. Практика становится и источником новых фундаментальных проблем образования. Теория, следовательно, дает основу для правильных практических решений, но глобальные проблемы, задачи, возникающие в образовательной практике, порождают новые вопросы, требующие фундаментальных исследований.