Если на плюралистическом этапе неоинституциональная методология исследования политических процессов составляла лишь одну тенденцию наряду со многими другими, то в последние два десятилетия (1990-2010 гг.) она стала доминирующей и позволила преобразовать отрасль сравнительной политологии в направлении ее большей строгости и четкости, правда, с потерей некоторого политического содержания. Методология сравнительного институционального исследования изложена в соответствующем разделе учебника. Здесь же отметим, что неоинституционализм как господствующая методологическая парадигма в сравнительной политологии определил ряд особенностей современного этапа развития этой отрасли.
Во-первых, сравнительная политология получила значительный импульс к междисциплинарности исследований. Вообще неоинституционализм, первоначально оформившийся в экономической науке, сразу же заявил о своей симпатии к политологии. Особенно это проявилось в варианте Вирджинской школы и теории социального выбора (К. Эрроу, Дж. Бьюкенен, Г. Таллок, Д. Мюллер и др.), где проблема институтов ставится в аспекте политического взаимодействия и анализируются соотношения «эффективность—несостоятельность» политики. Учитывая многообразие версий неоинституционализма (экономический, социологический, исторический, организационный, нормативный, дискурсивный, конфликтологический и т. д.), можно говорить о том, что сравнительные политические исследования стали междисциплинарной сферой изучения формирования и действия разнообразных институтов, а политика как институционализированная сфера стала анализироваться с использованием различных тематикометодологических подходов.
Во-вторых, неоинституционализм повысил роль и значение концептуализации и моделирования в сравнительной политологии. Это позволило поднять значение сравнительной политологии как теоретической дисциплины и придать строгость и целостность компаративным политическим исследования. Вместе с тем «экономический империализм» привел и к негативным результатам. Можно даже сказать, что понятия и принципы неоинституционализма стали своеобразным клише, используя которые компаративист маркировал политическую практику. И эти понятия выступали не инструментом анализа, а выражением самой политической реальности. В значительной мере под влиянием неоинституциональной методологии политика перестала отличаться от экономики, а политическая деятельность от торговли на рынке. Нормальный политический процесс соглашений приобрел значение «торговли голосами» и «картельных сделок», а политическая власть — значимого капитала, который можно пустить в рост.
В-третьих, повысилась степень реализации объяснительной функции сравнительных исследований. Неоинституционализм во всех его формах старался показать не только, что происходит в политике, но и как и почему. В этом отношении многообразие форм институционализма явилось своеобразным выражением поиска различных причин институционализации политики, будь то рациональная калькуляция потерь и выгод, историческая «тропа зависимости», принятость культурных норм, следование идеям и т. д.
В-четвертых, Г. Алмонд в свое время отмечал, что структурный функционализм 1950-1960-х гг. позволил включить в орбиту сравнительных исследований все многообразие стран, а не только самую развитую его часть. Неоинституционализм в этом отношении был еще более радикальным. Он позволял анализировать условия возникновения институтов в различных культурных контекстах и получать универсальные обобщения, с одной стороны, или объяснять особенность институционального строения различных политий с помощью универсальных моделей — с другой.
В-пятых, 1980-1990-е гг. — период третьей волны демократизации, захватившей многие страны мира приходится на господство неоинституциональной методологии в сравнительных исследованиях (вторая половина 1980-х и далее). В этом отношении сравнительная политология на данном этапе не только получила значимую методологию, но и тематически оживилась за счет демократических переходов, в которых преобладающую роль играли процессы институциональной трансформации и консолидации. Можно сказать, что объект, предмет и методология исследований находились в созвучии, что позволило сравнительной политологии не потерять, а приобрести дополнительные аргументы для позиционирования себя в рамках политической науки в целом как ведущей субдисциплины.
В настоящее время (т. е. к концу нынешнего десятилетия) в методологии сравнительных исследований вновь появились определенные тревожные ноты. И раньше обращали внимание на некоторые пределы неоинституциональной методологии, но теперь усиливается критика в целом «экономического империализма». Закончившаяся «третья волна демократизации» заставляет компаративистов обратить внимание на другие формы политического процесса, и вдруг обнаруживается, что неоинституционализм не совсем способен справиться с ними, например объяснить феномен «цветных революций» или «рациональное поведение» при выборе недемократических институтов, т. е. заведомо неэффективных с позиции господствующей методологии. И хотя, например, Филипп Шмиттер — один из ведущих компаративистов сегодня — отмечает перспективность неоинституционализма для позиционирования сравнительной политологии, тем не менее требуется либо его радикальное обновление, либо замена новой методологической парадигмой.