Система органов исполнительной власти субъектов РФ устанавливается ими самостоятельно в соответствии с основами конституционного строя РФ и общими принципами организации исполнительных органов государственной власти. Например, система органов исполнительной власти Ярославской области определяется и формируется в соответствии с Конституцией РФ, ФЗ от 06.10.1999 № 184-ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ», устанавливается Уставом Ярославской области от 01.10.2010 № ЗО-з и Законом Ярославской области от 24.11.2008 № 55-з «О системе органов исполнительной власти Ярославской области».
Федеральный закон от 06.10.1999 № 184-ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов РФ» регламентирует принципы образования, формирования, деятельности исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации, их полномочия и ответственность, порядок взаимодействия между собой и с федеральными органами государственной власти.
Так, в систему органов государственной власти субъекта РФ входят законодательный (представительный) орган государственной власти субъекта РФ; высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ; иные органы государственной власти субъекта РФ, образуемые в соответствии с конституцией (уставом) субъекта РФ. Конституцией (уставом) субъекта РФ может быть установлена должность высшего должностного лица субъекта РФ (губернатор, глава республики, президент республики). Система органов исполнительной власти в субъекте РФ устанавливается во главе с высшим исполнительным органом государственной власти субъекта РФ. Структура исполнительных органов государственной власти субъекта РФ определяется высшим должностным лицом субъекта РФ в соответствии с конституцией (уставом) субъекта РФ.
В рамках этих общих принципов субъекты РФ вправе устанавливать свою систему органов исполнительной власти.
Например, систему органов исполнительной власти Чувашской Республики образуют Глава Чувашской Республики как высшее должностное лицо и глава исполнительной власти Чувашской Республики; Кабинет Министров Чувашской Республики как коллегиальный высший исполнительный орган государственной власти Чувашской Республики; Администрация Главы Чувашской Республики; министерства; государственные комитеты; иные органы исполнительной власти Чувашской Республики (государственные службы республики, государственные инспекции республики). Обеспечение деятельности Кабинета Министров Чувашской Республики осуществляются Администрацией Главы Чувашской Республики.
Систему органов исполнительной власти Ярославской области составляют Правительство Ярославской области — высший исполнительный орган государственной власти Ярославской области, руководство которым осуществляет Губернатор Ярославской области, иные органы исполнительной власти Ярославской области (департаменты Ярославской области, инспекции Ярославской области, агентства Ярославской области). Для обеспечения деятельности Правительства Ярославской области образуется Аппарат Правительства Ярославской области.
В Костромской области устанавливается единая система органов исполнительной власти во главе с высшим исполнительным органом государственной власти области — Администрацией области, которую возглавляет Губернатор области, являющийся высшим должностным лицом области. В систему исполнительных органов государственной власти области также входят департаменты, службы (инспекции); управления (комитеты).